Fakultas MIPA dia awal pendiriannya merupakan UPT dalam ruang lingkup Universitas Brawijaya (UB) sejak tahun 1980-an. Persiapan pendirian Fakultas MIPA telah dilakukan sejak tahun 1981 dengan menghimpun laboratorium-laboratorium dasar di lingkungan UB menjadi Laboratorium Sentral yang berfungsi sebagai laboratorium yang mendukung penyelenggaraan pengajaran dan praktikum ilmu-ilmu dasar bagi fakultas-fakultas eksakta. Setelah sarana dan prasarana dianggap mencukupi untuk keperluan pendidikan S-1, maka pada tahun 1987 dibuka PROGRAM MIPA yang terdiri atas 4 program studi meliputi Program Studi Biologi, Kimia, Fisika dan Matematika. Sebagai upaya untuk melengkapi sarana dan prasarana tersebut, dilakukan berbagai bentuk kerjasama dengan pihak luar negeri, antara lain dengan NUFFIC-Belanda, IDP-Australia dan GTZ-Jerman yang dapat meningkatkan kompetensi dosen, jumlah instrumentasi dan peralatan laboratorium, kurikulum dan penyelenggaraan pendidikan tinggi.

Dalam perkembangannya, Program MIPA mendapat perhatian khusus dari Pemerintah melalui Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, baik dari sisi peningkatan sarana dan prasarana ataupun peningkatan kuantitas dan kualitas tenaga dosen. Sesuai dengan perkembangan yang telah dicapai Program MIPA dan ditunjang oleh kebutuhan lulusan MIPA dalam bidang pembangunan dan industri, maka sejak tanggal 21 Oktober 1993 dengan keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0371/0/1993 status MIPA ditingkatkan menjadi FAKULTAS MIPA yang terdiri atas 4 jurusan, meliputi jurusan BIOLOGI. KIMIA, FISIKA dan MATEMATIKA.

Pesatnya perkembangan teknologi dan dunia industri menuntut tersedianya tenaga-tenaga terampil dalam bidang komputer dan analisis, sehingga berdasarkan kapasitas internal yang sangat memadai dari segi fasilitas dan SDM yang dimiliki FMIPA, maka pada tahun 1995 dibuka PROGRAM D3 Manajemen Informatika dan Teknik Komputer (D3-MITEK) serta pada tahun 1997 dibuka PROGRAM D3 Analis Kimia. Selanjutnya program-program pendidikan terus ditingkatkan, pada tahun 1998 dibuka program studi Statistika dan pada tahun 2002 dibuka Program Studi Ilmu Komputer yang bernaung di bawah Jurusan Matematika. Dalam rangka memenuhi kebutuhan Pemerintah maupun masyarakat dalam aspek mitigasi dan penanganan bencana maka Jurusan Fisika membuka Program Studi Geofisika dan Instrumentasi pada tahun 2011. Dengan semakin meningkatnya jumlah dosen yang bergelar doktor dan dalam rangka mengembangkan kapasitas kelembagaannya FMIPA membuka Program Studi Pascasarjana yang dimulai pada tahun 1997 dengan dibukanya Program Magister Biologi Reproduksi. Setelah itu pada tahun 2007 dibuka Program Magister Ilmu Kimia. Program Magister Ilmu Fisika tahun 2009, Program Magister Matematika tahun 2010, dan Program Magister Statistika tahun 2011. Fakultas MIPA mengembangkan kelembagaannya dengan membuka Program Doktor Ilmu Biologi pada tahun 2011 dan yang sedang dirintis saat ini Program Doktor bidang-bidang lainnya yang sedang diusulkan ke Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi yaitu Program Doktor Kimia. Fisika dan Matematika.

Sejalan dengan perubahan peraturan tentang perguruan tinggi dengan dibentuknya program vokasi maka antara tahun 2008- 2010. Fakultas MIPA melakukan phasing out terhadap program-program Diploma antara lain Program D3 MITEK dan Program D3 Analis Kimia. Demikian juga dengan adanya perubahan kelembagaan melalui kebijakan Rektor UB pada tahun 2012 Program studi Ilmu Komputer dilebur menjadi Program Teknologi Informasi dan Ilmu Komputer yang bersifat terpisah dari Fakultas MIPA. Dengan demikian sampai tahun 2013 Fakultas MIPA memiliki 4 Jurusan dan 13 Program Studi meliputi program sarjana dan program pascasarjana.

Untuk menjamin kualitas dalam bidang-bidang Tridharma Perguruan Tinggi dan manajemen kelembagaannya. Fakultas MIPA melaksanakan sistem penjaminan mutu baik secara internal maupun eksternal. Hal ini diimplementasikan dengan dibentuknya badan-badan penjaminan mutu di tingkat Fakultas dan Jurusan dalam bentuk Gugus Jaminan Mutu (GJM) dan Unit Jaminan Mutu (UJM). Keberhasilan Universitas Brawijaya memperoleh sertifikat ISO 9001:2008 pada tahun 2012 tak lepas dari peran serta Fakultas MIPA yang berpartisipasi dalam audit ISO 9001:2008 dalam rangka perolehan sertifikat ISO tersebut. Disamping itu untuk menjamin kualitas lulusannya FMIPA telah mengakreditasi program studinya melalui Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan peringkat unggul yaitu Program Studi S-1 Biologi (A), Kimia (A), Fisika (A), Matematika (A), Statistika (A), Program Magister Biologi (A), Kimia (A), Fisika (A) dan program studi lainnya sedang diusulkan.